青林沟果树苗木基地位于 内蒙古自治区通辽市奈曼旗青龙山镇小城子村，具体信息如下：

行政区划

该企业注册地址明确标注为奈曼旗青龙山镇小城子村，属于奈曼旗辖区内的行政村。

企业背景

奈曼旗青林沟果树苗木种植专业合作社成立于2015年，注册资本600万人民币，主营林业经营、管护和改培业务，属于中高型农业企业。

地理位置

根据搜索结果中的"地址： 奈曼旗青龙山镇小城子村"可确定其具体地理位置，但需注意该信息来源于2015年的工商登记数据，建议通过官方渠道进一步核实最新情况。

综上，青林沟果树苗木基地的地理位置以企业注册登记为准，实际运营范围可能因业务发展有所调整。